內蒙古農業經濟可持續發展科學技術研究院成立于2009年，是經內蒙古自治區科學技術廳批準成立的非盈利性科研機構。成立之初，主要從事內蒙古地區非資源性產業的發展研究:包括農畜產品產業化研究;內蒙古城鄉一體化建設研究;以降低生態環境壓力、提高農牧民收入為主導的新產業模式研究;內蒙古農牧業旗縣縣域經濟均衡發展研究;農牧產品產業對策研究;生態區建設與山地、草原生物多樣性資源綜合開發研究等。
2013年根據內蒙古自治區發展的新要求，研究院完成資產重組，在原基礎上擴大研究范圍和研究領域。篩選目前實戰型專家組成研究團隊;聘請社會資深人士和行業組成專家顧問委員會、學術指導委員會和理事局;由著名經濟學家馬志剛教授出任研究院院長。研究院以“整合資源，創意發展”為理念，以“始自智慧、集在國家”為宗旨。聚集各領域的研究力量，系統、準確、及時為各級政府提供重大問題研究與重大決策咨詢和服務。其終發展方向和目標是:成為內蒙古自治區以及少數民族地區有影響力的智囊庫。
研究院主要任務是:以《專題報告》、《情況通報》和《調查與研究》等書面報告形式，向各級政府提供決策性的參考意見，并承辦黨和政府委托的其他任務;對以內蒙古自治區為主兼顧其他邊疆民族地區的經濟、社會發展中的重大理論和實踐問題深入開展調查研究，探討解決方案，提出對策建議;為經濟、社會發展提出建設性、前瞻性、指導性的咨詢方案，對一些經濟、社會發展的重大項目開展咨詢活動;根據經濟、社會發展和需要，有針對性地召開研討會、報告會和座談會，提出學術觀點和建設性意見，針對各級政府開展以經濟、社會發展為主題的交流、培訓和講座;對經濟、社會發展方向重大理論研究成果和有影響的新著作、新觀點、新思想進行收集整理，組織探討研究及指導、評選和獎勵，并促進成果的推廣、轉化和應用;幫助企業進行發展規劃、知識培訓、企業文化建設、項目策劃與咨詢等，提高企業高層管理者綜合素質，促進企業健康發展和壯大;培養經濟、社會發展高級學術人才;協助政府相關部門制定經濟、社會、文化的發展戰略規劃，分析執行中出現的問題，推動政府相關部門運用科學的眼光制定發展戰略和發展規劃。